耿精忠前有清军进攻，后方又为郑经所占，进退无路。次年秋，清政府康亲王杰书带领大批援军赶到，耿精忠在走投无路之下，又投降了清政府。康熙令他与杰书合兵一处，驱逐郑经，立功赎罪。郑经寡不敌众，节节败退，7个府悉数丢失，退守厦门、金门两处。
虽然郑经趁“三藩之乱”进攻福建，康熙仍将他区别于三藩，指示康亲王杰书：“对郑经宜用抚。”
康亲王杰书派佥事道朱麟、庄庆祚去厦门，与郑经谈判。郑经知吴三桂、尚可喜尚未被平定，清军无暇顾及台湾，并且水师薄弱，无力渡海，坚持按朝鲜例的前议，并说：“不按朝鲜例，断不从议，我师枕戈待旦，欲向中原而共逐鹿，光复旧业。”直言威胁康熙答应自己的条件，不然，我们就要去中原的花花世界走一趟，恢复我们祖先的基业。
康熙十六年（1677年），康亲王杰书再派兴化知府卞永誉、泉州知府张仲举，会同福建绅士黄志美、吴公鸿等，复去招抚郑经。康亲王杰书为求东南沿海安定，以便清军集中力量对付吴三桂等叛军，在未奏请康熙的情况下，不提削发登岸，只要求郑军退出金门、厦门，撤回台湾，两相息兵。郑经得寸进尺，要清政府让出漳州、泉州、惠州、潮州四个府，及福建沿海诸岛，并供给军饷，作为罢兵的条件。
康亲王杰书奏报朝廷，康熙认为武力***的军事条件不曾成熟，但这样的条件也是绝不能答应的，决定先不理郑经，继续分化招抚郑经的部属，削弱其力量，为最终***奠定基础，下旨给康亲王杰书：“郑经虽无降意，其附逆兵民有革心向化者，康亲王仍宜招抚。”
为使这一战略方针付诸切实实施，康熙擢升姚启圣为福建总督，吴兴祚为福建巡抚，杨捷为福建水陆提督总兵官。郑重叮嘱：“此计非一日即能见效，须花费数年，尔等认真去做，功到自然成，收益不可限量。”
姚启圣等人上任后，深体圣意，许以各种优待条件，继续招降郑军官兵。
而此时的郑氏集团内部非常混乱，由于郑经在与其叔争位时，滥杀反对派，致使人人自危，互不信任。郑经趁“三藩之乱”反攻大陆，没有取得他预想的效果，反而损兵折将，财源枯竭，不得已而暴索横征，又裁减军饷，加剧了军民的不满乃至反抗。一面要面对清政府大军压境，诚意招降，一面内部混乱，再加上军民中很多人都是世居大陆，思乡情切，因而投降者众。
可以说，康熙的政治攻势适在其时，致使郑氏集团内部军心不稳，士气涣散，沿海各地及岛上的郑氏官兵纷纷归顺清政府。二三年中，投降的文武官员3985人，士兵4万余人，连带大小船只900余艘，使郑氏战力大减。
